Università degli studi di Pavia
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Brandi curriculum
Curriculum
INFORMAZIONI PERSONALI:
Brandi Ornella; E-mail: ornella.brandi01@universitadipavia.it; Data di nascita: 16-04-1989 | Nazionalità Italiana.
ISTRUZIONE E FORMAZIONE:
COMPETENZE PERSONALI:
Inglese: Ascolto: B2, Lettura: C1, Interazione: B1, Produzione orale: B1, Produzione scritta: B1 (Livelli: A1 e A2: Utente base - B1 e B2: Utente autonomo - C1 e C2: Utente avanzato; Quadro Comune Europeo di Riferimento delle Lingue).
Competenze professionali: ottima padronanza delle principali tecniche di biologia molecolare: elettroforesi del DNA su gel d'agarosio, isolamento del DNA da gel, ideazione di clonaggi e loro esecuzione, estrazione di DNA genomico e plasmidico, PCR qualitativa e Real TimePCR, estrazione di RNA e proteine da cellule, retrotrascrizione di RNA in cDNA, saggio Bradford, trasfezioni cellulari, sequenziamento del DNA, SDS-page e western blot, allestimento di reazioni di trascrizione, ibridazione in situ, immunofluorescenza; lavoro con colture cellulari; buone competenze di bioinformatica: programmi di strutturistica proteica (Deep view); programmi per esecuzione di clonaggi virtuali (Serial cloner); programmi per esecuzione di test statistici (GraphPad), allineamento di sequenze nucleotidiche e proteiche; uso databases; lavoro in vivo con Drosophila melanogaster: utilizzo del sistema binario UAS-Gal4, schemi d'incrocio, dissezione e immuno-staining su tessuti larvali, immuno-staining sugli embrioni, produzione di individui ricombinanti; produzione di cloni cellulari mediante il sistema "Flip-out"; Acquisite prevalentemente durante il tirocinio universitario e post-universitario.
Competenza digitale:
Ottima padronanza degli strumenti Microsoft Office (Word, Excel, Power point); Buona padronanza di programmi per la creazione di bibliografia scientifica (EndNote);
REFERENZE:
Professor Alessandro Riccardo, Dipartimento di Biopatologia e Biotecnologie Mediche e Forensi, Sezione di Biologia e Genetica, Università di Palermo, riccardo.alessandro@unipa.it. Dott.ssa Raimondo Stefania; Dip. DiBiMEF, sez. di Biologia e Genetica; stefania.raimondo@unipa.it. Dott. Bernardoni Roberto, ricercatore confermato;Alma mater studiorum, università di Bologna; roberto.bernardoni@unibo.it. Dott. Reale Stefano, dirigente del laboratorio Tecnologie Diagnostiche Innovative dell'Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Sicilia; stefano.reale@izssicilia.it. Dott.ssa Bellia Chiara, ricercatore presso il Dipartimento di Biopatologia e Biotecnologie Mediche e Forensi; chiara.bellia@unipa.it.
Pubblicazioni e comunicazioni a congressi
Progetto di ricerca
Uso di agonisti“DNA-damage induced RNAs” (DDRNAs)per promuoverel'attivazionedel “DNA damage response” (DDR) in assenza di lesioni sul DNA
Il nostro gruppo ed altri, hanno recentemente pubblicato che il mantenimento dell'integrità del DNA dipende da una nuova classe di piccoli RNA non codificanti definiti “DNA damage response RNAs”(DDRNAs) che agiscono sulle lesioni del DNA favorendo il “DNA damage response” (DDR) (Francia S. et al. Natura 2012; Wei Wei et al cellulare 2012; Michalick et al NAR 2012). Il ruolo dei DDRNAs nel DDR è stato stabilito in un sistema cellulare opportunamente ingegnerizzato che permette l'induzione controllata di una singola lesione sul DNA in un locus specifico e tracciabile. Con questo sistema cellulare abbiamo dimostrato che DDRNAs sintetizzati chimicamente e omologhi per sequenza al DNA fiancheggiante il sito di danno, controllano la formazione delle foci del DDR in modo dose-dipendente. Recentemente, abbiamo ottenuto dati non pubblicati che dimostrano che i DDRNAs agiscono nei siti di danno al DNA per associazione a dei trascritti che emergono dalle rotture a doppio filamento del DNA (DSB) (Michelini F. et al sottomesso) e promuovono l'accumulo dei mediatori di DDR sul sito danneggiato del DNA ma sono dispensabili per rilevare l’iniziale lesione sul DNA (Francia S. et al., sottomesso). Dal momento che il legame dei fattori chiave del DDR ad un locus genetico è sufficiente per far scattare una completa segnalazione DDR anche in assenza di lesioni fisiche sul DNA (Soutoglou E., Scienza 2008), abbiamo ipotizzato che DDRNAs esogeni introdotti nelle cellule possono essere sufficienti per stimolare il reclutamento dei fattori di DDR e l’attivazione del DDR nelle cellule bersaglio. Infatti,dati preliminari del nostro gruppo mostrano che la trasfezione di DDRNAs sintetici induce l'attivazione del DDR su un locus genomico complementare, e questo avviene in una consistente frazione di cellule, anche in assenza di una lesione preesistente sul DNA. Spinti da questi risultati preliminari, vogliamo testare se la formazione di foci di DDR indotta dalla trasfezione di DDRNAs in assenza di lesioni sul DNA, determina anche l'attivazione di un checkpoint del ciclo cellulare dipendente da danno al DNA, specificamente in cellule con sequenze bersaglio, riducendo la proliferazione cellulare come conseguenza. Questo potrebbe conferire uno svantaggio proliferativo selettivo alle cellule che presentano una specifica mutazione genetica in una popolazione mista, con potenziali, importanti implicazioni. Per verificare questa ipotesi così suggestiva, useremo una popolazione mista di linee cellulari bersaglio e parentali, che si differenziano solo per la presenza di un locus genetico bersaglio ingegnerizzato e le trasfettaremo con DDRNAs sequenza-specifici o oligonucleotidi con sequenze non correlate, come controllo. Dopo rounds multipli di trasfezione, verrà misurata l'espansione clonale delle due linee cellulari nel tempo. Le misurazioni saranno effettuate tramite Q-PCR su DNA genomico, utilizzando dei primer specifici per ogni tipo cellulare. I risultati ottenuti saranno confermati nei diversi sistemi cellulari (NIH3T3, HCT 116 e HT1080) e se l' ipotesi risulterà valida negli esperimenti in vitro, ci proponiamo di confermarla con un approccio in vivo, trattando con i DDRNAs linee di cellule cancerose ,da scegliere opportunamente, all’interno di tumori indotti in topi nudi.
In sintesi, con questo progetto testeremo la possibilità che DDRNAs sintetici sequenza-specifici possano essere usati per indurre uno svantaggio proliferativo selettivo su una specifica popolazione di cellule bersaglio con alterazioni genetiche quali mutazioni o integrazioni virali, anche in assenza di danni fisici al DNA.
INFORMAZIONI PERSONALI:
Brandi Ornella; E-mail: ornella.brandi01@universitadipavia.it; Data di nascita: 16-04-1989 | Nazionalità Italiana.
ISTRUZIONE E FORMAZIONE:
- 02/11/2015–alla data attuale: Dottoranda in "Genetica, biologia molecolare e cellulare". Università degli studi di Pavia; Attività di ricerca presso l'Istituto di Genetica Molecolare (IGM-CNR) di Pavia.
- 10/2015: Vincita di una posizione in graduatoria per il corso di dottorato in "Oncologia e Chirurgia sperimentali" (internazionale). Rifiutata. Università degli studi di Palermo.
- 04/2015–08/2015: Tirocinio volontario, laboratorio di biologia cellulare e molecolare. Dip. DiBiMEF, sez. di Biologia e Genetica Via Divisi 83, Palermo (Italia). Lavoro con colture cellulari, saggi di vitalità cellulare, estrazione RNA, retrotrascrizione e Real Time PCR, estrazione, quantificazione proteica e western blot.
- 12/2014: Abilitata alla professione di Biologo, Università degli studi di Parma.
- 10/2014: Vincita di una borsa di studio per il corso di dottorato in “Scienze Applicate della Vita e della Salute”. Rifiutata. Università degli studi di Verona. La posizione è stata rifiutata per mancanza di interesse verso il progetto di ricerca corrispondente.
- 01/2012–03/2014: Laurea Magistrale in Biotecnologie Molecolari e Industriali (curriculum molecolare) classe LM-8 Biotecnologie Industriali, Alma Mater studiorum-università di Bologna. Data di laurea 20/03/2014; Voto di laurea: 110/110 e lode.
- 03/2013–03/2014: Tirocinio universitario, in genetica funzionale, Alma Mater studiorum-università di Bologna, Bologna (Italia). Dipartimento di farmacia e biotecnologie. Laboratorio di genetica funzionale (Drosophila melanogaster), Dott. Bernardoni Roberto, via Selmi n°3. Produzione dell'elaborato di tesi: Studio in vivo della funzione del gene Multidrug-Resistance like Protein 1 di Drosophila melanogaster (dMRP).
- 10/2008–12/2011: Laurea di I livello in Biotecnologie classe L-02 Biotecnologie (curriculum biomedico), Università degli studi di Palermo, Palermo (Italia), Data di laurea: 14/12/2011. Voto di laurea: 110/110 e lode
- 09/2011–12/2011: Tirocinio in microbiologia, Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Sicilia ("A. Mirri"), Palermo (Italia), Sezione di biologia molecolare, diretta dal Dott. Reale Stefano. Produzione dell'elaborato di tesi: Applicazione della metodica “Microseq” per l'identificazione di specie microbiche e fungine su matrici biologiche.
COMPETENZE PERSONALI:
Inglese: Ascolto: B2, Lettura: C1, Interazione: B1, Produzione orale: B1, Produzione scritta: B1 (Livelli: A1 e A2: Utente base - B1 e B2: Utente autonomo - C1 e C2: Utente avanzato; Quadro Comune Europeo di Riferimento delle Lingue).
Competenze professionali: ottima padronanza delle principali tecniche di biologia molecolare: elettroforesi del DNA su gel d'agarosio, isolamento del DNA da gel, ideazione di clonaggi e loro esecuzione, estrazione di DNA genomico e plasmidico, PCR qualitativa e Real TimePCR, estrazione di RNA e proteine da cellule, retrotrascrizione di RNA in cDNA, saggio Bradford, trasfezioni cellulari, sequenziamento del DNA, SDS-page e western blot, allestimento di reazioni di trascrizione, ibridazione in situ, immunofluorescenza; lavoro con colture cellulari; buone competenze di bioinformatica: programmi di strutturistica proteica (Deep view); programmi per esecuzione di clonaggi virtuali (Serial cloner); programmi per esecuzione di test statistici (GraphPad), allineamento di sequenze nucleotidiche e proteiche; uso databases; lavoro in vivo con Drosophila melanogaster: utilizzo del sistema binario UAS-Gal4, schemi d'incrocio, dissezione e immuno-staining su tessuti larvali, immuno-staining sugli embrioni, produzione di individui ricombinanti; produzione di cloni cellulari mediante il sistema "Flip-out"; Acquisite prevalentemente durante il tirocinio universitario e post-universitario.
Competenza digitale:
Ottima padronanza degli strumenti Microsoft Office (Word, Excel, Power point); Buona padronanza di programmi per la creazione di bibliografia scientifica (EndNote);
REFERENZE:
Professor Alessandro Riccardo, Dipartimento di Biopatologia e Biotecnologie Mediche e Forensi, Sezione di Biologia e Genetica, Università di Palermo, riccardo.alessandro@unipa.it. Dott.ssa Raimondo Stefania; Dip. DiBiMEF, sez. di Biologia e Genetica; stefania.raimondo@unipa.it. Dott. Bernardoni Roberto, ricercatore confermato;Alma mater studiorum, università di Bologna; roberto.bernardoni@unibo.it. Dott. Reale Stefano, dirigente del laboratorio Tecnologie Diagnostiche Innovative dell'Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Sicilia; stefano.reale@izssicilia.it. Dott.ssa Bellia Chiara, ricercatore presso il Dipartimento di Biopatologia e Biotecnologie Mediche e Forensi; chiara.bellia@unipa.it.
Pubblicazioni e comunicazioni a congressi
Progetto di ricerca
Uso di agonisti“DNA-damage induced RNAs” (DDRNAs)per promuoverel'attivazionedel “DNA damage response” (DDR) in assenza di lesioni sul DNA
Il nostro gruppo ed altri, hanno recentemente pubblicato che il mantenimento dell'integrità del DNA dipende da una nuova classe di piccoli RNA non codificanti definiti “DNA damage response RNAs”(DDRNAs) che agiscono sulle lesioni del DNA favorendo il “DNA damage response” (DDR) (Francia S. et al. Natura 2012; Wei Wei et al cellulare 2012; Michalick et al NAR 2012). Il ruolo dei DDRNAs nel DDR è stato stabilito in un sistema cellulare opportunamente ingegnerizzato che permette l'induzione controllata di una singola lesione sul DNA in un locus specifico e tracciabile. Con questo sistema cellulare abbiamo dimostrato che DDRNAs sintetizzati chimicamente e omologhi per sequenza al DNA fiancheggiante il sito di danno, controllano la formazione delle foci del DDR in modo dose-dipendente. Recentemente, abbiamo ottenuto dati non pubblicati che dimostrano che i DDRNAs agiscono nei siti di danno al DNA per associazione a dei trascritti che emergono dalle rotture a doppio filamento del DNA (DSB) (Michelini F. et al sottomesso) e promuovono l'accumulo dei mediatori di DDR sul sito danneggiato del DNA ma sono dispensabili per rilevare l’iniziale lesione sul DNA (Francia S. et al., sottomesso). Dal momento che il legame dei fattori chiave del DDR ad un locus genetico è sufficiente per far scattare una completa segnalazione DDR anche in assenza di lesioni fisiche sul DNA (Soutoglou E., Scienza 2008), abbiamo ipotizzato che DDRNAs esogeni introdotti nelle cellule possono essere sufficienti per stimolare il reclutamento dei fattori di DDR e l’attivazione del DDR nelle cellule bersaglio. Infatti,dati preliminari del nostro gruppo mostrano che la trasfezione di DDRNAs sintetici induce l'attivazione del DDR su un locus genomico complementare, e questo avviene in una consistente frazione di cellule, anche in assenza di una lesione preesistente sul DNA. Spinti da questi risultati preliminari, vogliamo testare se la formazione di foci di DDR indotta dalla trasfezione di DDRNAs in assenza di lesioni sul DNA, determina anche l'attivazione di un checkpoint del ciclo cellulare dipendente da danno al DNA, specificamente in cellule con sequenze bersaglio, riducendo la proliferazione cellulare come conseguenza. Questo potrebbe conferire uno svantaggio proliferativo selettivo alle cellule che presentano una specifica mutazione genetica in una popolazione mista, con potenziali, importanti implicazioni. Per verificare questa ipotesi così suggestiva, useremo una popolazione mista di linee cellulari bersaglio e parentali, che si differenziano solo per la presenza di un locus genetico bersaglio ingegnerizzato e le trasfettaremo con DDRNAs sequenza-specifici o oligonucleotidi con sequenze non correlate, come controllo. Dopo rounds multipli di trasfezione, verrà misurata l'espansione clonale delle due linee cellulari nel tempo. Le misurazioni saranno effettuate tramite Q-PCR su DNA genomico, utilizzando dei primer specifici per ogni tipo cellulare. I risultati ottenuti saranno confermati nei diversi sistemi cellulari (NIH3T3, HCT 116 e HT1080) e se l' ipotesi risulterà valida negli esperimenti in vitro, ci proponiamo di confermarla con un approccio in vivo, trattando con i DDRNAs linee di cellule cancerose ,da scegliere opportunamente, all’interno di tumori indotti in topi nudi.
In sintesi, con questo progetto testeremo la possibilità che DDRNAs sintetici sequenza-specifici possano essere usati per indurre uno svantaggio proliferativo selettivo su una specifica popolazione di cellule bersaglio con alterazioni genetiche quali mutazioni o integrazioni virali, anche in assenza di danni fisici al DNA.
