Universitą degli studi di Pavia
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Pradella curriculum
Curriculum
Nome: Davide
Cognome: Pradella
Data di nascita: 18 Aprile 1990
Nazionalitą: Italiana
Indirizzo: 17, Via Dante, Gravedona ed Uniti, Como, Italia
ISTRUZIONE E FORMAZIONE
11/2014 - presente: Dottorato in Genetica, Biologia Molecolare e Cellulare (XXX ciclo). Universitą degli Studi di Pavia, Italia
Supervisor: Dr. Claudia Ghigna
09/2009 - 05/2015: Corsi ordinari in Scienze Biomediche. Istituto Universitario di Studi Superiori (IUSS), Pavia, Italia.
Tesi Diploma di Licenza: Analisi della differente espressione genica in aneurismi aortici toracici associati a valvole aortiche bicuspidi rispetto a valvole tricuspidi: una risorsa per l'individuazione di nuovi potenziali biomarker.
Supervisor: Prof. Orsetta Zuffardi
09/2012 - 07/2014: Laurea Magistrale in Molecular Biology and Genetics (110/110 e lode). Universitą degli Studi di Pavia, Italia
Tesi Magistrale: Studio dello splicing alternativo di Par3, un fattore chiave per la polarizzazione cellulare.
Supervisor: Dr. Claudia Ghigna
09/2009 - 07/2012: Laurea Triennale in Biotecnologie (110/110 e lode). Universitą degli Studi di Pavia, Italia
Tesi Triennale: Tecniche cromatografiche per la purificazione dell’Irudina.
Supervisor: Dr. Claudia Binda
09/2004 - 07/2009: Maturitą scientifica. Liceo Scientifico - Indirizzo Tecnologico - P. Nervi, Morbegno, Italia
ESPERIENZE FORMATIVE
12/11/2015: Corso formazione: "Sicurezza e Salute nei Luoghi di Lavoro ai sensi del D.Lgs. 81/08. Universitą degli Studi di Pavia, Italia
7/10/2015: Seminari RNAseq e Target Enrichment. BMR Genomics (Padova) c/o Universitą degli Studi di Pavia, Italia
14-17/04/2014: Theoretical Course: “RNA Structure and Function”. International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB), Italia.
05/2007 e 05/2008: CusMiBio project. Universitą degli Studi di Milano, Italia
CAPACITĮ E COMPETENZE PERSONALI
Madre lingua: Italiano
Altre lingue: Inglese
Francese – DELF B1
Capacitą e competenze relazionali:
- Capacitą di lavoro e interazione in gruppo, visione multidisciplinare maturata durante le esperienze in laboratorio, i corsi extracurriculari dello IUSS e le attivitą collegiali durante gli anni di Universitą.
- Capacitą di adattarsi a un nuovo ambiente culturale, anche con persone di differente nazionalitą, acquisita soprattutto durante la Laurea Magistrale.
- Capacitą di discutere articoli scientifici e di esporli ad altri.
Capacitą e competenze tecniche:
Competenze tecniche di laboratorio:
- Tecniche biomolecolari: Estrazione e purificazione acidi nucleici e proteine, PCR, RT-PCR, elettroforesi su gel d’agarosio e acrilamide. Tecniche di clonaggio. Preparazione e purificazione di plasmidi, quantificazione di DNA, RNA e proteine.
- Tecniche di biologia cellulare: colture cellule eucariotiche e batteriche. Capacitą di lavorare in condizioni di sterilitą. Trasfezione di cellule eucariotiche. Saggi di splicing in vivo. Saggi di morte cellulare.
- Tecniche biochimiche: Western Blotting.
Strumenti Bioinformatici e database:
NCBI, EBI, OMIM, UCSC, Protein Data Bank, UniProt, BLAST, BLAT, Exonmine, Fasta DB, Esefinder, SFmap Hapmap, Vista Browser, DAVID, Gene Ontology, Genemania, String, miRBase, TargetScan, PicTar.
Software scientifici:
Papers2, Endnote, FinchTV, ImaJ, Qutemole, EasyChem.
Altri Software:
Excel/Numbers, Word/Pages, Powerpoint/Keynote/ Prezi, AutoCAD, Adobe (Photoshop, Illustrator, Acrobat). Conoscenza di base linguaggi HTML e C per web design.
Capacitą uso strumenti:
Microscopio ottico, spettrofotometro, termociclatore, cappa chimica e a flusso laminare, sistemi aquisizione immagini (Gel doc).
RICONOSCIMENTI
- 2014 - Vincitore borsa di dottorato XXX ciclo - Dottorato in Genetica, Biologia molecolare e cellulare. Universitą degli Studi di Pavia
- 2013/2014 Borsa INPS -“INPS” (Istituto Nazionale della Previdenza Sociale)
- 2013 - Borsa “Giuseppe Casella” - “Almo Collegio Borromeo”
- 2012 - Borsa “Cesare Angelini” - “Associazione Alunni Almo Collegio Borromeo”
- 2009 - 2012 “Dote di residenzialitą” - “Regione Lombardia”
- 2009 - 2014 - Vincitore posto di allievo della Classe di Scienze Biomediche presso l’Istituto Universitario di Studi Superiori IUSS di Pavia
- 2009 - 2014 - Vincitore posto di alunno presso l’Almo Collegio Borromeo.
PREMI
Primo classificato XII Olimpiade dei Giochi Logici Linguistici Matematici
Universitą di Siena, Universitą di Bari, Politecnico di Bari, Fondazione Gioia Mathesis, Italia, 2002
Pubblicazioni e comunicazioni a congressi
Giampietro C, Deflorian G, Gallo S, Di Matteo A, Pradella D, Bonomi S, Belloni E, Nyqvist D, Quaranta V, Confalonieri S, Bertalot G, Orsenigo F, Pisati F, Ferrero E, Biamonti G, Fredrickx E, Taveggia C, Wyatt CD, Irimia M, Di Fiore PP,
Blencowe BJ, Dejana E, Ghigna C. The alternative splicing factor Nova2 regulates vascular development and lumen formation. Nat Commun. 2015; 6 : 8479.
Frisone P, Pradella D, Di Matteo A, Belloni E, Ghigna C, Paronetto MP. SAM68: Signal Transduction and RNA Metabolism in Human Cancer. Biomed Res Int. 2015; 2015 : 528954.
Abstracts e presentazioni
Giampietro C, Gallo S, Deflorian G, Bonomi S, Di Matteo A, Belloni E, Quaranta V, Nyqvist D, Confalonieri S, Bertalot G, Pradella D, Fredrickx E, Biamonti G, Taveggia C, Irimia M, Di Fiore PP, Blencowe BJ, Dejana E, Ghigna C. "The alternative splicing factor Nova2 is a novel regulator of angiogenesis". SIICA (Societą Italiana Immunologia, Immunologia Clinica e Allergologia). Angiogenesi: basi molecolari ed implicazioni terapeutiche, Certosa di Pontignano, Italia, 25-27 Maggio 2015. Poster.
Gallo S., Giampietro C., Bonomi S., Deflorian G., Di Matteo A., Belloni E., Quaranta V., Pradella D., Biamonti G., Dejana E. and Ghigna C. “The alternative splicing factor Nova2 is a novel regulator of angiogenesis”. Joint IGM Meeting, Pavia, Italia, 3 Ottobre 2014. Comunicazione orale.
Gallo S., Bonomi S., Giampietro C., Deflorian G., Di Matteo A., Pradella D., Dejana E. and Ghigna C. “Identification of a novel post-transcriptional regulator of angiogenesis”. Joint National Ph. D. Meeting 2013, , Pesaro, Italia, 10-12 Ottobre 2013. Poster.
Progetto di ricerca
UNO STRUMENTO DI GENOME-EDITING PER LO STUDIO DEL RUOLO DELLO SPLICING ALTERNATIVO DURANTE IL PROCESSO DI ANGIOGENESI
Negli ultimi anni un nuovo strumento ha in breve tempo rivoluzionato gli approcci di ingegneria genetica per la modificazione del genoma. Questo sistema di genome-editing, denominato CRISPR (Clustered, Regularly Interspaced, Short Palindromic Repeats), č stato efficacemente impiegato per l’integrazione di DNA esogeno (Knock-in), la deplezione di geni specifici (Knock-out), il silenziamento dell’espressione di target specifici (CRISPRi, Knock-down), la manipolazione dell’attivitą trascrizionale senza alterazioni della sequenza genomica e come strumento di imaging per lo studio di specifici loci (CRISPR imaging).
Attraverso l’utilizzo di questa tecnologia ci proponiamo di generare cellule endoteliali (ECs) murine knock-out per fattori di splicing regolati durante il processo di angiogenesi.
Successivamente intendiamo investigare le differenze nei profili di splicing in cellule endoteliali in cui i vari fattori di splicing sono completamente depleti rispetto a cellule normali di controllo. Con il fine di identificare nuove varianti di splicing specifiche espresse da ECs di vasi in crescita (in angiogenesi) ci prefiggiamo di analizzare l’RNA estratto da ECs knock-out per specifici fattori di splicing e controlli attraverso approcci di Next-Generation Sequencing (NGS) come il Whole Transcriptome Shotgun Sequencing (WTSS o RNA-seq).
Dato che potenziali bersagli terapeutici ideali dovrebbero essere esposti sulla superficie cellulare ed essere facilmente accessibili, sulla base dei risultati ottenuti mediante RNA-seq, ci concentreremo su quegli eventi di splicing alternativo che interessano geni codificanti per proteine di membrana.
Nome: Davide
Cognome: Pradella
Data di nascita: 18 Aprile 1990
Nazionalitą: Italiana
Indirizzo: 17, Via Dante, Gravedona ed Uniti, Como, Italia
ISTRUZIONE E FORMAZIONE
11/2014 - presente: Dottorato in Genetica, Biologia Molecolare e Cellulare (XXX ciclo). Universitą degli Studi di Pavia, Italia
Supervisor: Dr. Claudia Ghigna
09/2009 - 05/2015: Corsi ordinari in Scienze Biomediche. Istituto Universitario di Studi Superiori (IUSS), Pavia, Italia.
Tesi Diploma di Licenza: Analisi della differente espressione genica in aneurismi aortici toracici associati a valvole aortiche bicuspidi rispetto a valvole tricuspidi: una risorsa per l'individuazione di nuovi potenziali biomarker.
Supervisor: Prof. Orsetta Zuffardi
09/2012 - 07/2014: Laurea Magistrale in Molecular Biology and Genetics (110/110 e lode). Universitą degli Studi di Pavia, Italia
Tesi Magistrale: Studio dello splicing alternativo di Par3, un fattore chiave per la polarizzazione cellulare.
Supervisor: Dr. Claudia Ghigna
09/2009 - 07/2012: Laurea Triennale in Biotecnologie (110/110 e lode). Universitą degli Studi di Pavia, Italia
Tesi Triennale: Tecniche cromatografiche per la purificazione dell’Irudina.
Supervisor: Dr. Claudia Binda
09/2004 - 07/2009: Maturitą scientifica. Liceo Scientifico - Indirizzo Tecnologico - P. Nervi, Morbegno, Italia
ESPERIENZE FORMATIVE
12/11/2015: Corso formazione: "Sicurezza e Salute nei Luoghi di Lavoro ai sensi del D.Lgs. 81/08. Universitą degli Studi di Pavia, Italia
7/10/2015: Seminari RNAseq e Target Enrichment. BMR Genomics (Padova) c/o Universitą degli Studi di Pavia, Italia
14-17/04/2014: Theoretical Course: “RNA Structure and Function”. International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB), Italia.
05/2007 e 05/2008: CusMiBio project. Universitą degli Studi di Milano, Italia
CAPACITĮ E COMPETENZE PERSONALI
Madre lingua: Italiano
Altre lingue: Inglese
Francese – DELF B1
Capacitą e competenze relazionali:
- Capacitą di lavoro e interazione in gruppo, visione multidisciplinare maturata durante le esperienze in laboratorio, i corsi extracurriculari dello IUSS e le attivitą collegiali durante gli anni di Universitą.
- Capacitą di adattarsi a un nuovo ambiente culturale, anche con persone di differente nazionalitą, acquisita soprattutto durante la Laurea Magistrale.
- Capacitą di discutere articoli scientifici e di esporli ad altri.
Capacitą e competenze tecniche:
Competenze tecniche di laboratorio:
- Tecniche biomolecolari: Estrazione e purificazione acidi nucleici e proteine, PCR, RT-PCR, elettroforesi su gel d’agarosio e acrilamide. Tecniche di clonaggio. Preparazione e purificazione di plasmidi, quantificazione di DNA, RNA e proteine.
- Tecniche di biologia cellulare: colture cellule eucariotiche e batteriche. Capacitą di lavorare in condizioni di sterilitą. Trasfezione di cellule eucariotiche. Saggi di splicing in vivo. Saggi di morte cellulare.
- Tecniche biochimiche: Western Blotting.
Strumenti Bioinformatici e database:
NCBI, EBI, OMIM, UCSC, Protein Data Bank, UniProt, BLAST, BLAT, Exonmine, Fasta DB, Esefinder, SFmap Hapmap, Vista Browser, DAVID, Gene Ontology, Genemania, String, miRBase, TargetScan, PicTar.
Software scientifici:
Papers2, Endnote, FinchTV, ImaJ, Qutemole, EasyChem.
Altri Software:
Excel/Numbers, Word/Pages, Powerpoint/Keynote/ Prezi, AutoCAD, Adobe (Photoshop, Illustrator, Acrobat). Conoscenza di base linguaggi HTML e C per web design.
Capacitą uso strumenti:
Microscopio ottico, spettrofotometro, termociclatore, cappa chimica e a flusso laminare, sistemi aquisizione immagini (Gel doc).
RICONOSCIMENTI
- 2014 - Vincitore borsa di dottorato XXX ciclo - Dottorato in Genetica, Biologia molecolare e cellulare. Universitą degli Studi di Pavia
- 2013/2014 Borsa INPS -“INPS” (Istituto Nazionale della Previdenza Sociale)
- 2013 - Borsa “Giuseppe Casella” - “Almo Collegio Borromeo”
- 2012 - Borsa “Cesare Angelini” - “Associazione Alunni Almo Collegio Borromeo”
- 2009 - 2012 “Dote di residenzialitą” - “Regione Lombardia”
- 2009 - 2014 - Vincitore posto di allievo della Classe di Scienze Biomediche presso l’Istituto Universitario di Studi Superiori IUSS di Pavia
- 2009 - 2014 - Vincitore posto di alunno presso l’Almo Collegio Borromeo.
PREMI
Primo classificato XII Olimpiade dei Giochi Logici Linguistici Matematici
Universitą di Siena, Universitą di Bari, Politecnico di Bari, Fondazione Gioia Mathesis, Italia, 2002
Pubblicazioni e comunicazioni a congressi
Giampietro C, Deflorian G, Gallo S, Di Matteo A, Pradella D, Bonomi S, Belloni E, Nyqvist D, Quaranta V, Confalonieri S, Bertalot G, Orsenigo F, Pisati F, Ferrero E, Biamonti G, Fredrickx E, Taveggia C, Wyatt CD, Irimia M, Di Fiore PP,
Blencowe BJ, Dejana E, Ghigna C. The alternative splicing factor Nova2 regulates vascular development and lumen formation. Nat Commun. 2015; 6 : 8479.
Frisone P, Pradella D, Di Matteo A, Belloni E, Ghigna C, Paronetto MP. SAM68: Signal Transduction and RNA Metabolism in Human Cancer. Biomed Res Int. 2015; 2015 : 528954.
Abstracts e presentazioni
Giampietro C, Gallo S, Deflorian G, Bonomi S, Di Matteo A, Belloni E, Quaranta V, Nyqvist D, Confalonieri S, Bertalot G, Pradella D, Fredrickx E, Biamonti G, Taveggia C, Irimia M, Di Fiore PP, Blencowe BJ, Dejana E, Ghigna C. "The alternative splicing factor Nova2 is a novel regulator of angiogenesis". SIICA (Societą Italiana Immunologia, Immunologia Clinica e Allergologia). Angiogenesi: basi molecolari ed implicazioni terapeutiche, Certosa di Pontignano, Italia, 25-27 Maggio 2015. Poster.
Gallo S., Giampietro C., Bonomi S., Deflorian G., Di Matteo A., Belloni E., Quaranta V., Pradella D., Biamonti G., Dejana E. and Ghigna C. “The alternative splicing factor Nova2 is a novel regulator of angiogenesis”. Joint IGM Meeting, Pavia, Italia, 3 Ottobre 2014. Comunicazione orale.
Gallo S., Bonomi S., Giampietro C., Deflorian G., Di Matteo A., Pradella D., Dejana E. and Ghigna C. “Identification of a novel post-transcriptional regulator of angiogenesis”. Joint National Ph. D. Meeting 2013, , Pesaro, Italia, 10-12 Ottobre 2013. Poster.
Progetto di ricerca
UNO STRUMENTO DI GENOME-EDITING PER LO STUDIO DEL RUOLO DELLO SPLICING ALTERNATIVO DURANTE IL PROCESSO DI ANGIOGENESI
Negli ultimi anni un nuovo strumento ha in breve tempo rivoluzionato gli approcci di ingegneria genetica per la modificazione del genoma. Questo sistema di genome-editing, denominato CRISPR (Clustered, Regularly Interspaced, Short Palindromic Repeats), č stato efficacemente impiegato per l’integrazione di DNA esogeno (Knock-in), la deplezione di geni specifici (Knock-out), il silenziamento dell’espressione di target specifici (CRISPRi, Knock-down), la manipolazione dell’attivitą trascrizionale senza alterazioni della sequenza genomica e come strumento di imaging per lo studio di specifici loci (CRISPR imaging).
Attraverso l’utilizzo di questa tecnologia ci proponiamo di generare cellule endoteliali (ECs) murine knock-out per fattori di splicing regolati durante il processo di angiogenesi.
Successivamente intendiamo investigare le differenze nei profili di splicing in cellule endoteliali in cui i vari fattori di splicing sono completamente depleti rispetto a cellule normali di controllo. Con il fine di identificare nuove varianti di splicing specifiche espresse da ECs di vasi in crescita (in angiogenesi) ci prefiggiamo di analizzare l’RNA estratto da ECs knock-out per specifici fattori di splicing e controlli attraverso approcci di Next-Generation Sequencing (NGS) come il Whole Transcriptome Shotgun Sequencing (WTSS o RNA-seq).
Dato che potenziali bersagli terapeutici ideali dovrebbero essere esposti sulla superficie cellulare ed essere facilmente accessibili, sulla base dei risultati ottenuti mediante RNA-seq, ci concentreremo su quegli eventi di splicing alternativo che interessano geni codificanti per proteine di membrana.
