Universitą degli studi di Pavia
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Bonfiglio attivitą di ricerca
Analisi della variabilitą del DNA mitocondriale (mtDNA) nei bovini moderni
L’analisi di genomi mitocondriali bovini completi (Achilli et al. 2008) ha evidenziato l’esistenza di un contributo genetico degli antichi uri europei (Bos primigenius) nei bovini moderni, sebbene il pool genico di questi ultimi derivi principalmente dal centro di domesticazione Neolitica, nella Mezzaluna Fertile.
Nel corso della mia attivitą di ricerca, ho indagato ulteriormente l’entitą del contributo genetico dei Bos primigenius europei nei bovini moderni, attraverso l’analisi del mtDNA di numerosi animali appartenenti a razze bovine principalmente europee. Inizialmente, le regioni di controllo del mtDNA sono state sequenziate per classificare i campioni in aplogruppi. I genomi mitocondriali aventi un aplotipo presumibilmente attribuibile a B. primigenius sono stati sequenziati interamente e le sequenze complete ottenute sono state inserite nell’albero filogenetico preesistente al fine di chiarirne le relazioni filogenetiche.
Un altro obiettivo della ricerca ha riguardato l’arricchimento della struttura filogenetica ancora poco dettagliata dell’aplogruppo T1 attraverso l’analisi di genomi mitocondriali completi di animali appartenenti a razze bovine sia europee sia africane.
Infine, ho trascorso un breve periodo di tirocinio presso l’Istituto di Genomica Applicata (IGA) di Udine, collaborando nello sviluppo di un protocollo di multiplexing per il sequenziamento di genomi mitocondriali completi mediante Illumina Genome Analyzer.
Analisi della variabilitą del cromosoma Y nei bovini moderni
Finora, gli studi condotti sulla variabilitą del cromosoma Y bovino si sono basati su un numero esiguo di marcatori biallelici (SNPs) presenti in circa 3.5 kb di pochi geni Y specifici, a causa dell’assenza della sequenza completa annotata del cromosoma Y bovino.
La mia attivitą di ricerca ha avuto come obiettivo l’individuazione di ulteriori marcatori biallelici Y-specifici, al fine di identificare nuove linee paterne nelle popolazioni bovine moderne, di costruire una filogenesi del cromosoma Y pił informativa e dettagliata e di chiarire alcune tematiche relative alla domesticazione bovina, che finora sono state principalmente indagate attraverso lo studio del mtDNA. Per raggiungere questi obiettivi, ho seguito un approccio bioinformatico per sviluppare, partendo da alcune sequenze del cromosoma Y bovino presenti in GenBank, marcatori Y-specifici che sono stati successivamente analizzati per la presenza di polimorfismi mediante DHPLC e sequenziamento. Inoltre, i campioni di DNA maschile disponibili in laboratorio sono stati analizzati per la presenza di polimorfismi che potessero classificarli negli aplogruppi gią noti taurini (Y1/Y2) e zebuini (Y3).
L’analisi di genomi mitocondriali bovini completi (Achilli et al. 2008) ha evidenziato l’esistenza di un contributo genetico degli antichi uri europei (Bos primigenius) nei bovini moderni, sebbene il pool genico di questi ultimi derivi principalmente dal centro di domesticazione Neolitica, nella Mezzaluna Fertile.
Nel corso della mia attivitą di ricerca, ho indagato ulteriormente l’entitą del contributo genetico dei Bos primigenius europei nei bovini moderni, attraverso l’analisi del mtDNA di numerosi animali appartenenti a razze bovine principalmente europee. Inizialmente, le regioni di controllo del mtDNA sono state sequenziate per classificare i campioni in aplogruppi. I genomi mitocondriali aventi un aplotipo presumibilmente attribuibile a B. primigenius sono stati sequenziati interamente e le sequenze complete ottenute sono state inserite nell’albero filogenetico preesistente al fine di chiarirne le relazioni filogenetiche.
Un altro obiettivo della ricerca ha riguardato l’arricchimento della struttura filogenetica ancora poco dettagliata dell’aplogruppo T1 attraverso l’analisi di genomi mitocondriali completi di animali appartenenti a razze bovine sia europee sia africane.
Infine, ho trascorso un breve periodo di tirocinio presso l’Istituto di Genomica Applicata (IGA) di Udine, collaborando nello sviluppo di un protocollo di multiplexing per il sequenziamento di genomi mitocondriali completi mediante Illumina Genome Analyzer.
Analisi della variabilitą del cromosoma Y nei bovini moderni
Finora, gli studi condotti sulla variabilitą del cromosoma Y bovino si sono basati su un numero esiguo di marcatori biallelici (SNPs) presenti in circa 3.5 kb di pochi geni Y specifici, a causa dell’assenza della sequenza completa annotata del cromosoma Y bovino.
La mia attivitą di ricerca ha avuto come obiettivo l’individuazione di ulteriori marcatori biallelici Y-specifici, al fine di identificare nuove linee paterne nelle popolazioni bovine moderne, di costruire una filogenesi del cromosoma Y pił informativa e dettagliata e di chiarire alcune tematiche relative alla domesticazione bovina, che finora sono state principalmente indagate attraverso lo studio del mtDNA. Per raggiungere questi obiettivi, ho seguito un approccio bioinformatico per sviluppare, partendo da alcune sequenze del cromosoma Y bovino presenti in GenBank, marcatori Y-specifici che sono stati successivamente analizzati per la presenza di polimorfismi mediante DHPLC e sequenziamento. Inoltre, i campioni di DNA maschile disponibili in laboratorio sono stati analizzati per la presenza di polimorfismi che potessero classificarli negli aplogruppi gią noti taurini (Y1/Y2) e zebuini (Y3).
