Università degli studi di Pavia
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De Nola curriculum
CURRICULUM
Informazioni personali
Giovanni De Nola CURRICULUM VITAE
Luogo di nascita: Sinalunga (SI) 19/giugno/1988 Via: Via Traversa val di Chiana Ovest n°27
tel: 3922002423
e-mail: giovanni.denola01@universitadipavia.it
Educazione:
2012-oggi: dottorato di ricerca in genetica, biologia molecolare e cellulare
2010-2012: laurea specialistica in Molecular Biology and Genetics conseguita presso l’università degli studi di Pavia - Italia. Votazione: 110/110 e lode.
2007-2010: Laurea di primo livello in Scienze Biologiche con indirizzo Molecolare e Cellulare conseguita presso l'Università degli Studi di Siena - Italia. Votazione 105/110
Ulteriori informazioni
• Partecipazione alla “Conference on Synthetic Biology” (Cambridge 23-25 marzo 2008)
• Partecipazione alla quinta conferenza mondiale sul futuro della scienza: “The DNA
Revolution” (Venezia 20-22 settembre 2009).
• Partecipazione all’ ICGEB theoretical course “RNA structure and function”(Trieste 27 febbraio 1
marzo 2012).
• Partecipazione al simposio post EURASNET “Regulation of gene expression trough RNA
splicing” (Trieste 24-27 MARZO 2012).
Attività di ricerca
Da gennaio 2010 a luglio 2011 ho lavorato nei laboratori di biochimica della prof.ssa Rosati Floriana, occupandomi della purificazione di proteine mediante cromatografia di affinità con lectine. L’obiettivo del lavoro era quello di individuare proteine aventi un differente pattern di glicosilazione in risposta all’ipossia.
Da dicembre 2010 a luglio 2012 ho lavorato nel laboratorio della Dott.ssa Claudia Ghigna presso l’istituto di genetica molecolare - consiglio nazionale delle ricerche (IGM-CNR), Pavia, Italia. Il principale interesse del mio laboratorio era quello di studiare il ruolo dello splicing alternativo nella progressione tumorale. Il nostro modello sperimentale era costituito da ∆Ron, una variante tumore- specifica di MSP (macrophage-stimulating protein).
Nello stesso periodo ho seguito un altro progetto volto a studiare come lo splicing altrnativo è alterato durante l’angiogenesi. Ho analizzato l’espressione di Nova2 insieme al profilo di splicicing dei suo pre-mRNA target, in colture cellulari endoteliali primarie (HUVEC). Inoltre ho dimostrato che cambiamenti nell’espressione di Nova2, insieme a cambiamenti nel pattern di splicing dei suoi target, sono coinvolti nel processo di angiogenesi. Ho effettuato anche il knock down di Nova2 in cellule endoteliali utilizzando vettori lentivirali portanti shRNA specifici per Nova2 (in collaborazione con la professoressa Elisabetta Dejaa; IFOM).
Competenze acquisite
Tecniche di clonazione, preparazione e purificazione di plasmidi, PCR, PCR-mediated mutagenesis, RT-PCR, elettroforesi su gel di agarosio, LM gel e gel di acrilamide, estrazione e purificaizione di DNA da gel, quantificazione di DNA e proteine, cellule, mantenimento in coltura di cellule eucariotiche e batteriche, trasfezione di cellule eucariotiche, estrazione di RNA cellulare e sua purificazione.
Ulteriori competenze acquisite
Buona conoscenza dei sistemi operativi Microsoft Windows XP/Vista and MacOSX (Lion and Snow Leopard).
Buona conoscenza del pacchetto Microsoft Office
Buona conoscenza di Adobe Photoshop e Illustrator
Ottima conoscenza dei software: MacPyMOL, ImageJ, EnzymeX
Ottima conoscenza di strumenti bionformatici: NCBI Pubmed, OMIM, GeneBank, Entrez Protein, BLAST, EBI Clustal W2, Exon Mine.
Buona conoscenza della lingua inglese
Progetto di ricerca
Struttura nativa del recettore tirosin chinasico MET
Il genoma umano codifica per 59 recettori tirosin-chinasici (RTKs) i quali rivestono un ruolo fondamentale nello sviluppo e nellʼomeostasi dei tessuti. La deregolazione della loro attività è uno dei principali fattori coinvolti nello sviluppo di molte malattie, tra cui il cancro.
Lʼobiettivo del mio PhD è quello di ottenere informazioni strutturali e funzionali riguardo al recettore tirosin chinasico MET nelle sue condizioni native. Met, come tutti i RTKs conosciuti, è una grande proteina di membrana con un singolo dominio transmembrana, un grande dominio extra-celulare (932 aminoacidi), un dominio citoplasmatico catalitico e delle “flanking sequences”, coinvolte nella regolazione dellʼattività del recettore stesso, tra cui la degradazione e il “recycling”.
Ad oggi esistono numerose strutture cristallografiche del dominio catalitico e di buona parte del dominio extra-cellulare (aminoacidi 25-741), ma non esiste ancora una struttura che descriva MET in condizioni native. Il principale scopo del mio lavoro è quello di far esprimere lʼintera proteina (MET) inserita nella membrana, purificarla e usare la tecnica della “cryo-electron microscpy” per ottenere una mappa preliminare del recettore
complessato al suo ligando in condizioni native. Durante il mio periodo di dottorato verranno intrapresi anche esperimenti cristallografici volti a valutare le prospettive di ottenere cristalli 2D e 3D che, a loro volta, potranno essere utilizzati per esperimenti di diffrazione a raggi X. Prima però sarà necessario riuscire a controllare il grado di omogeneità di MET in soluzione in condizioni native e anche determinare il suo stato di glicosilazione e fosforilazione. Questi studi serviranno per offrire indizi sulla meccanica di attivazione del recettore insieme ad estendere le nostre conoscenze relative alle basi strutturali della comunicazione cellulare negli organismi superiori.
Pubblicazioni
Informazioni personali
Giovanni De Nola CURRICULUM VITAE
Luogo di nascita: Sinalunga (SI) 19/giugno/1988 Via: Via Traversa val di Chiana Ovest n°27
tel: 3922002423
e-mail: giovanni.denola01@universitadipavia.it
Educazione:
2012-oggi: dottorato di ricerca in genetica, biologia molecolare e cellulare
2010-2012: laurea specialistica in Molecular Biology and Genetics conseguita presso l’università degli studi di Pavia - Italia. Votazione: 110/110 e lode.
2007-2010: Laurea di primo livello in Scienze Biologiche con indirizzo Molecolare e Cellulare conseguita presso l'Università degli Studi di Siena - Italia. Votazione 105/110
Ulteriori informazioni
• Partecipazione alla “Conference on Synthetic Biology” (Cambridge 23-25 marzo 2008)
• Partecipazione alla quinta conferenza mondiale sul futuro della scienza: “The DNA
Revolution” (Venezia 20-22 settembre 2009).
• Partecipazione all’ ICGEB theoretical course “RNA structure and function”(Trieste 27 febbraio 1
marzo 2012).
• Partecipazione al simposio post EURASNET “Regulation of gene expression trough RNA
splicing” (Trieste 24-27 MARZO 2012).
Attività di ricerca
Da gennaio 2010 a luglio 2011 ho lavorato nei laboratori di biochimica della prof.ssa Rosati Floriana, occupandomi della purificazione di proteine mediante cromatografia di affinità con lectine. L’obiettivo del lavoro era quello di individuare proteine aventi un differente pattern di glicosilazione in risposta all’ipossia.
Da dicembre 2010 a luglio 2012 ho lavorato nel laboratorio della Dott.ssa Claudia Ghigna presso l’istituto di genetica molecolare - consiglio nazionale delle ricerche (IGM-CNR), Pavia, Italia. Il principale interesse del mio laboratorio era quello di studiare il ruolo dello splicing alternativo nella progressione tumorale. Il nostro modello sperimentale era costituito da ∆Ron, una variante tumore- specifica di MSP (macrophage-stimulating protein).
Nello stesso periodo ho seguito un altro progetto volto a studiare come lo splicing altrnativo è alterato durante l’angiogenesi. Ho analizzato l’espressione di Nova2 insieme al profilo di splicicing dei suo pre-mRNA target, in colture cellulari endoteliali primarie (HUVEC). Inoltre ho dimostrato che cambiamenti nell’espressione di Nova2, insieme a cambiamenti nel pattern di splicing dei suoi target, sono coinvolti nel processo di angiogenesi. Ho effettuato anche il knock down di Nova2 in cellule endoteliali utilizzando vettori lentivirali portanti shRNA specifici per Nova2 (in collaborazione con la professoressa Elisabetta Dejaa; IFOM).
Competenze acquisite
Tecniche di clonazione, preparazione e purificazione di plasmidi, PCR, PCR-mediated mutagenesis, RT-PCR, elettroforesi su gel di agarosio, LM gel e gel di acrilamide, estrazione e purificaizione di DNA da gel, quantificazione di DNA e proteine, cellule, mantenimento in coltura di cellule eucariotiche e batteriche, trasfezione di cellule eucariotiche, estrazione di RNA cellulare e sua purificazione.
Ulteriori competenze acquisite
Buona conoscenza dei sistemi operativi Microsoft Windows XP/Vista and MacOSX (Lion and Snow Leopard).
Buona conoscenza del pacchetto Microsoft Office
Buona conoscenza di Adobe Photoshop e Illustrator
Ottima conoscenza dei software: MacPyMOL, ImageJ, EnzymeX
Ottima conoscenza di strumenti bionformatici: NCBI Pubmed, OMIM, GeneBank, Entrez Protein, BLAST, EBI Clustal W2, Exon Mine.
Buona conoscenza della lingua inglese
Progetto di ricerca
Struttura nativa del recettore tirosin chinasico MET
Il genoma umano codifica per 59 recettori tirosin-chinasici (RTKs) i quali rivestono un ruolo fondamentale nello sviluppo e nellʼomeostasi dei tessuti. La deregolazione della loro attività è uno dei principali fattori coinvolti nello sviluppo di molte malattie, tra cui il cancro.
Lʼobiettivo del mio PhD è quello di ottenere informazioni strutturali e funzionali riguardo al recettore tirosin chinasico MET nelle sue condizioni native. Met, come tutti i RTKs conosciuti, è una grande proteina di membrana con un singolo dominio transmembrana, un grande dominio extra-celulare (932 aminoacidi), un dominio citoplasmatico catalitico e delle “flanking sequences”, coinvolte nella regolazione dellʼattività del recettore stesso, tra cui la degradazione e il “recycling”.
Ad oggi esistono numerose strutture cristallografiche del dominio catalitico e di buona parte del dominio extra-cellulare (aminoacidi 25-741), ma non esiste ancora una struttura che descriva MET in condizioni native. Il principale scopo del mio lavoro è quello di far esprimere lʼintera proteina (MET) inserita nella membrana, purificarla e usare la tecnica della “cryo-electron microscpy” per ottenere una mappa preliminare del recettore
complessato al suo ligando in condizioni native. Durante il mio periodo di dottorato verranno intrapresi anche esperimenti cristallografici volti a valutare le prospettive di ottenere cristalli 2D e 3D che, a loro volta, potranno essere utilizzati per esperimenti di diffrazione a raggi X. Prima però sarà necessario riuscire a controllare il grado di omogeneità di MET in soluzione in condizioni native e anche determinare il suo stato di glicosilazione e fosforilazione. Questi studi serviranno per offrire indizi sulla meccanica di attivazione del recettore insieme ad estendere le nostre conoscenze relative alle basi strutturali della comunicazione cellulare negli organismi superiori.
Pubblicazioni
